白黒車両
白色側の車両のテーマは「コナンと仲間たち」。作品に登場するキャラクター（コナン、工藤新一、赤井秀一、灰原哀など）が登場！
黒色側の車両のテーマは「対立する黒ずくめの組織」。ジン、ウォッカ、ベルモットをはじめとした黒ずくめの組織メンバーが勢揃い！
探偵車両
茶色側の車両のテーマは「招集された探偵たち」。コナン、工藤新一、毛利小五郎、安室透、服部平次など、作品に登場する探偵たちが勢ぞろい！
オレンジ色側の車両のテーマは「少年探偵団」。コナンのクラスメイトで構成された少年探偵団が、元気いっぱいに登場しています。
内装（トイレ入口）には、コナンと探偵風衣装を身にまとった工藤新一のイラストが！
令和３年９月18日に行われた「探偵車両」出発式の様子はこちら（YouTubeへのリンク）
「白黒車両」「探偵車両」共通
お手洗いのピクトグラムは、工藤新一と毛利蘭を模したイラストになっています。
名探偵コナン列車は、「まんが王国とっとり」の建国を記念し、平成24年度に「黄色車両」の運行を開始しました。平成27年度には、「名探偵コナン鳥取ミステリーツアー」の開催を機に「ピンク色車両」の運行も開始しました。なお、平成25年度にはJR由良駅に「コナン駅」の愛称が付けられ、多くのファンが訪れる人気スポットとなっています。
令和元年度には「黄色車両」に替わり「青赤車両」が、令和３年度には「ピンク色車両」に替わり「探偵車両」が、そして令和６年度には「青赤車両」に替わり「白黒車両」が運行を開始。人気キャラクターがいっぱいの魅力あふれるコナン列車に、ぜひご乗車ください！