指定を受けようとする医療機関の開設者は、下記の書類を提出してください。
※添付書類に関する注意
・病院又は診療所（育成医療・更生医療）の申請に必要となる「担当する医療に関する研究論文（主論文、副論文各１部）」について、研究論文が添付できない場合には、それに代わる資料（症例報告など申請する医療の種類（障がい分野）に関する専門性が確認できる資料）の添付が必要です。（申請内容が更生医療（じん臓）であれば、じん臓に関する専門性が確認できる資料が必要です。）
・病院又は診療所の申請で、精神通院医療のみ申請する場合は、臨床実績証明書等及び担当する医療に関する研究論文の提出は不要です。
指定自立支援医療機関は、障害者総合支援法により、6年毎に指定を受けなければその効力を失うとされています。
指定期間経過後も引き続き指定を受ける場合は、指定の更新を受ける必要があります。
指定の更新を希望する場合には、期限が経過する１か月前までに更新申請書を提出してください。
次の事項に変更のあった場合は、下記様式により申請をしてください。
なお、以下の事項の変更に伴い、保険医療機関の廃止及び新規申請を行う場合は、指定自立支援医療機関についても業務廃止及び新規指定申請の手続きが必要です。
【病院又は診療所】
１．開設者の住所及び氏名又は名称
２．保険医療機関である旨
３．標ぼうしている診療科名（担当する自立支援医療の種類に関係があるものに限る）
４．指定自立支援医療を主として担当する医師又は歯科医師の氏名及び経歴
５．指定自立支援医療（育成医療又は更生医療に限る。）を行うために必要な体制及び設備の概要
６．診療所（育成医療又は更生医療を行うものに限る。）にあっては、自立支援医療を行うための入院設備の定員
【薬局】
１．開設者の住所及び氏名又は名称
２．管理薬剤師の氏名及び経歴
３．保険薬局である旨
４．調剤のために必要な設備及び施設の概要
【指定訪問看護事業者等】
１．訪問看護ステーション等の名称及び所在地
２．指定訪問看護事業者等である旨
３．指定訪問看護若しくは指定老人訪問看護又は訪問看護に係る指定居宅サービス若しくは指定介護予防サービスに従事する職員の定数