本庁（生活環境部）、総合事務所環境建築局・保健所
食品衛生・環境衛生に関する企画や事業実施のほか、法令に基づく許認可・規制・指導などに携わります。
食肉衛生検査所
と畜検査や食肉に関する調査研究、食肉処理従事者への指導などに携わります。
衛生環境研究所
衛生・環境分野の調査研究、試験検査、研修指導、情報収集・提供などに携わります。
本庁（農林水産部）、総合事務所農林局
畜産業、家畜衛生に関する企画や事業実施のほか、家畜・家禽の生産振興、畜産に係る経営改善・環境対策などに携わります。
家畜保健衛生所
家畜衛生対策や畜産農家の支援、家畜伝染病の予防検査・まん延防止などに携わります。
畜産試験場、中小家畜試験場
畜産業分野の技術開発、研究などに携わります。