衛生環境研究所では、タミフル耐性ウイルスの出現を監視するため、定期的にタミフル耐性遺伝子の確認検査を実施しています。タミフル耐性ウイルスに変異するのは、主にA2009型とAソ連型のインフルエンザウイルスで、A香港型やB型はほとんど変異しないことが分かっています。確認検査はA2009型インフルエンザウイルスで行っています。
■2023-24シーズン（2023年9月～2024年3月）は、5件の検査を実施しました。その結果、3件は感受性、2件は判定不能でした。
■2018-19シーズン（2018年9月～2019年8月）は、10件の検査を実施しました。その結果、4件は感受性、6件は判定不能でした。
■2017-18シーズン（2017年9月～2018年8月）は、9件の検査を実施しました。その結果、4件は感受性、5件は判定不能でした。
■2016-17シーズン（2016年9月～2011年7月）は、7件の検査を実施しました。その結果、2件は感受性、5件は判定不能でした。
■2015-16シーズン（2015年9月～2016年8月）は、18件の検査を実施しています。このうち 1件から薬剤耐性遺伝子が検出され、国立感染症研究所で薬剤感受性試験を行った結果、オセルタミビル（商品名タミフル）及びペラミビル（商品名ラピアクタ）に対して耐性を示すことが確認されました。
日本国内では、インフルエンザ治療薬として、主にオセルタミビル、ペラミビル、ザナミビル（商品名リレンザ）及びラニナミビル（商品名イナビル）の4薬剤が使用されていますが、これらすべてに耐性を示す変異ウイルスは、これまでに1例も検出されておりません。